Последнее лето XX века изменило всё. Именно тогда люди узнали, что они не единственные хозяева на планете Земля — огромные монстры, впоследствии названные кайдзю (яп. 怪獣, «монстры»), стали наполнять её.

Одним из таких монстров была Годзилла. После войны длинной в полвека люди окончательно проиграли кайдзю. Поражение от врага, в несколько раз превышающего человека как в размерах, так и в единицах, вынуждает человечество покинуть Землю.

Люди отправились на Тау Кита, планету, что находится на расстоянии в 11,9 световых лет от Земли. Однако, после 20-летнего путешествия на корабле «Арарат» оказалось, что среда Кита далека от прогнозов и не подходит для обитания живых существ.

Главный герой, Харуо Сакаки, на глазах которого Годзилла убила родителей, желает расправиться с кайдзю. Невозможность эмиграции и ухудшение условий жизни на корабле стали поводом для создания фракции «Возвращение Земли», во главе с Харуо Её члены желают вернуться на Землю. Но за время отсутствия людей Земля стала совсем другим миром с неизвестной экосистемой, которым правят кайдзю.