Действие фильма происходит в 2071 году, за несколько дней до Хэллоуина. В столице Марса был выпущен смертельный вирус, и правительство обещает триста миллионов вулонгов (₩) тому, кто найдёт людей, стоящих за этим. Величайшая награда в истории!

Экипаж космического корабля Бибоп: Спайк Шпигель [スパイク・スピーゲル], Фэй Валентайн, Джет Блэк [ジェット・ブラック], Эдвард Вонг Хау Пепелу Тивруски IV [エドワード・ウォン・ハウ・ペペル・チブルスキー4世] и Эйн [アイン], надеются поймать преступников и получить награду, сумма-то немаленькая. Вот только награду жаждут получить и многие другие...

Вокруг же Винсента Воладзю [ヴィンセント・ボラージュ], ответственного за инцидент на Марсе, гораздо больше загадок, чем кажется на первый взгляд. И даже сами создатели вируса высылают на его поимку Электру Овило [エレクトラ・オヴィロゥ], агента, которая, кроме того, должна «позаботиться» и о людях, могущих пролить свет на инцидент.

Но как поймать человека без прошлого и без будущего? Судьба Марса теперь зависит от экипажа Бибопа!